به گزارش کورنگ به نقل از همدان پیام، در بخشی از این نامه آمده است: "جناب آقای روحانی قلباً و قویاً علاقه‌مند به همکاری با دولت جنابعالی هستیم، مصرانه خواستاریم که آقای فرجی‌دانا را به تجدید نظر در این انتصابات و برخی انتصابات سؤال‌برانگیز دیگر دلالت فرمایید." اعتراض این نمایندگان بیش از هر چیز به 2 انتصاب وزیر علوم بازمی‌گردد فرجی‌دانا روز 12 آبان‌ماه جعفر توفیقی را به عنوان مشاور عالی و جعفر میلی‌منفرد را به عنوان معاون آموزشی خود منصوب کرد.

این نمایندگان در نامه خود به رئیس‌جمهور تأکید کرده‌اند: "نگران آنیم که چنین انتصاباتی فضای فعلی و روابط مثبت دولت و مجلس را تیره و تار کرده و موجب بروز واکنش‌هایی شده که جز اتلاف وقت و انرژی سودی نداشته باشد."

جعفر میلی‌منفرد و جعفر توفیقی 2 گزینه اصلی نشستن بر کرسی وزارت علوم بودند که اولی نتوانست رای اعتماد مجلس را به دست آورد و دومی نیز با وجود اینکه 3 ماه سرپرست وزارت علوم بود به دلایل نامعلومی به عنوان گزینه تصدی وزارت علوم به مجلس معرفی نشد.

نمایندگان مجلس شورای اسلامی معتقدند که این 2 چهره دانشگاهی ایران در اتفاقات پس از انتخابات 88 نقش‌آفرینی کرده‌اند.

انتقادات نمایندگان در حالی است که فرجی‌دانا گفته مرتبط بودن افراد پست یافته در وزرات علوم با فتنه 88 باید از سوی وزارت اطلاعات تأييد شود. سعدا... قیداری معاون پارلمانی وزارت علوم به نقل از فرجی‌دانا گفته که اگر وزارت اطلاعات اثبات و اعلام کند این افراد با فتنه ارتباطی دارند، در این انتصابات تجدید نظر خواهد کرد.