موقوفه بهاء‌الملک به عنوان بزرگترین موقوفه همدان در حال حاضر به دلیل اختلاف سه دستگاه اجرایی میراث فرهنگی، اوقاف و امور خیریه و علوم پزشکی همدان با مشکلاتی مواجه شده است.