در کمال تعجب سال ها بعد در جریان فتنه 88 در پاسخ به بیانات رهبر انقلاب درباره دخالت خارجی در فتنه، دقیقا مانند واکنش بازرگان به فرمایشات امام، «انتساب حرکت سالم مردم به بیگانگان»‌ را «جلوه ای از سیاست های نادرست» دانستید.

محمدرضا خباز در گفتوگو با یکی از رسانه های خبری راه حل ورود اصلاح طلبان به انتخابات ریاست جمهوری را تشکیل مثلث هاشمی –ناطق نوری-خاتمی عنوان کرده و بیان داشته است که این سه نفر باید تصمیم بگیرند که یکی از آنها وارد عرصه شود ونفرات دیگر از او حمایت کنند.