به گزارش پایگاه خبری تحلیلی کورنگ ،مرادی در استقلال با حواشی خاصی روبه‌رو بود و در مقطعی هم به خاطر مسائل انضباطی از تیم کنار گذاشته شده بود. او پس از این مشکلات قرارداد خود را با استقلال فسخ کرد تا مشکلی بابت انتقال به تیم دیگری نداشته باشد.

بابک مرادی یازدهمین بازیکن هوادار است که تجربه بازی در باشگاه استقلال را در کارنامه دارد.